Der FS Napajedla ist ein tschechischer Fußballverein aus Napajedla, einer Stadt in der Region Zlín. Der Verein wurde 1926 gegründet und spielt derzeit in der Divize E, der fünften Spielklasse Tschechiens.

Die Heimspiele des FS Napajedla finden im Městský stadion Napajedla statt, das eine Kapazität von 1.500 Zuschauern hat. Der Verein hat eine lange und erfolgreiche Geschichte und konnte in der Vergangenheit einige Titel gewinnen. So wurde der FS Napajedla 1934 Meister der Moravian-Silesian Region und 1997 Meister der Divize D.

In der Saison 2019/20 spielte der FS Napajedla in der Divize E und belegte den 12. Platz. Der Verein konnte sich jedoch nicht für die Aufstiegsrunde qualifizieren und blieb somit in der fünften Liga.

Die größten Erfolge des FS Napajedla sind der Gewinn der Moravian-Silesian Region Championship im Jahr 1934 und der Gewinn der Divize D Championship im Jahr 1997.